Standardowym źródłem materiału genetycznego do testu ojcostwa są wymazy policzkowe pobrane od domniemanego ojca i dziecka. To wystarczy, aby wynik analizy był pewny i jednoznaczny. Niektóre z laboratoriów poszerzyły ostatnio liczbę badanych markerów DNA z 16 do 24, dzięki czemu ojcostwo można określić z jeszcze większym prawdopodobieństwem niż dotychczas, wynoszącym tutaj ponad 99,99%.
Czasem istnieje jednak podejrzenie, że ojcem może być któryś z dwóch blisko spokrewnionych ze sobą mężczyzn. Czy w takiej sytuacji zbadanie ojcostwa jest w ogóle możliwe?
Kiedy jest ryzyko , że ojcem dziecka może okazać się jeden z dwóch spokrewnionych ze sobą mężczyzn, np. braci, wówczas konieczne staje się włączenie do analizy próbek pochodzących również od matki. W takim przypadku najlepszym rozwiązaniem byłaby jednak analiza materiałów pobranych od wszystkich osób, a więc dziecka, matki oraz obu domniemanych ojców.
W związku z tym, że badania tego typu polegają na porównaniu kodu genetycznego ojca i dziecka, jego przeprowadzenie nie będzie możliwe w przypadku bliźniąt jednojajowych. Identyczne DNA braci bliźniaków uniemożliwi jednoznaczne wskazanie mężczyzny będącego biologicznym ojcem.
